TogoTable Tutorial for Configuration

ユーザ設定ファイルの作成（システム設定ファイルのコピー）

TogoTableトップページの右上にある「Configuration」をクリックして設定用の画面を表示します

「Create your own configuration from system configuration」をクリックします

ユーザ用設定ファイルが作成されます。「Show your own configuration」をクリックします
検索データベース（SPARQLエンドポイント）の設定

現在登録されているデータベースが表示されます。「new DB」をクリックします

データベース名、SPARQLエンドポイントのURL、IDのURIのプレフィックス、IDの正規表現（オプション）を設定します。データベース名は設定ファイル中でユニークである必要があり、スペースを入れることはできません。ここでは「DB name」に「reactome」、「server URL」に「http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/reactome/sparql」、「subject prefix」に「http://identifiers.org/reactome/」、「key regexp」に「REACT_[0-9]+\.[0-9]+」と入力します

Reactomeデータベースが検索先として登録されます。「reactome」の「show」をクリックして取得項目を設定します
取得項目の設定

「new attribute」をクリックします

項目名、プレビュー画面に表示する項目名のラベル、項目を取得するためのSPARQLを設定します。項目名は指定したデータベースの中でユニークである必要があり、スペースを入れることはできません。また、入力IDの変数を「[subject]」、取得項目の変数を「?merge」にする必要があります。ここでは「attribute」に「pathway_name」、「label」に「pathway name」、「SPARQL」に以下を入力します
```
					
						SELECT ?merge
						WHERE
						{
						  [subject] <http://www.biopax.org/release/biopax-level3.owl#displayName> ?merge .
						} 
					
				
```
Reactomeデータベースからパスウェイ名を取得するための設定が保存されます。「Back to config select」をクリックして設定のトップページに戻ります
使用する設定ファイルの切り替え

「Use your own configuration」を選択して、TogoTableで使用する設定ファイルを切り替えます
reactome IDからpathway nameを取得する

TogoTableトップページからReactome IDを含むファイルをアップロードして検索します。Reactome IDを含むセルをクリックし、「Select Key」で「reactome」、「Select DB」で「reactome」、「pathway name」を指定して「merge」ボタンをクリックします

サンプルファイル

Reactomeデータベースからパスウェイ名を取得できました

TogoTableユーザ設定チュートリアル

TogoTableユーザ設定の方法